学校拥有崇明医院、周浦医院、嘉定区中心医院、上海市第六人民医院临港院区4所直属附属医院，奉贤区中心医院、上海市第六人民医院金山分院、杨浦区精神卫生中心（筹）等8家附属医院；组建了覆盖上海市9个区的“上海健康医学院社区卫生服务中心健康联盟”，成员单位40家；与瑞金医院、中山医院、新华医院、仁济医院等多所三甲医院开展合作订单班，并与数百家高水平医疗服务机构、医疗器械企业和检测单位保持全方位紧密合作关系。

临床医学专业临床教学工作，主要由一批以三级医院为主体的临床教学基地承担,有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、全科医学科、急救学科等十余个住院医师规范化培训基地。临床医学专业（本科）临床教学工作主要由上海市第六人民医院临港院区、附属周浦医院、附属嘉定区中心医院、附属第六人民医院南院、附属喀什第二人民医院（新疆喀什订单班）承担，临床医学专业（专科）临床教学工作主要由附属崇明医院、上海市第六人民医院金山分院、上海市宝山区吴淞中心医院承担。依托上海市综合性三甲医院学科优势，与中山医院、新华医院、仁济医院等联合开展“健康-中山全科班”“上健医-新华班”“健康-仁济班”，构建“5+3”一体化的临床医学专业人才培养体系，学生有机会在上海市顶级医院进行临床学习。

临床医学专业还具有先进的实验和实践教学训练条件，如基础医学互动学习与实训中心、健康互动实践中心、动物外科实训室和临床技能实训中心，并配备高端模拟人等先进实训设备，能够充分满足医学理论学习、临床技能训练和国家执业考试要求。